«Pendant des siècles, la Médecine s’est préoccupée de soigner. Aujourd’hui elle s'est donnée comme but de prévenir plutôt que de guérir.»
Pr Jean Dausset, Prix Nobel de Médecine, 1980
La Fondation Jean Dausset - Centre d’Etude du Polymorphisme Humain participe aux efforts nationaux et internationaux de recherche pour mieux déterminer le rôle du polymorphisme génétique chez l’Homme, tout particulièrement dans les maladies complexes, pour mieux les comprendre, les diagnostiquer et participer au développement d’une médecine personnalisée.

Job offers/Offres d'emploi



Sujet de stage : Analyses moléculaires multiparamétriques des acides nucléiques circulants chez le sujet sain en relation avec l'âge et le sexe


Entreprise et lieu du stage

La Fondation Jean Dausset - CEPH (Centre d'Etude du Polymorphisme Humain) est une fondation de droit privé reconnue d'utilité publique impliquée dans plusieurs grands programmes de recherche nationaux et internationaux en génétique et génomique humaines. Elle coordonne actuellement le Laboratoire d'Excellence Génomique Médicale (LabEx GenMed 2011-2022). Le stage se déroulera au Laboratoire de Génomique de la Fondation Jean Dausset CEPH (Paris, Xème). Des déplacements ponctuels au CNRGH (Centre National de Recherche en Génomique Humaine, Institut François Jacob, CEA ,2 rue Gaston Crémieux 91000 EVRY) est possible.


Contexte scientifique

Les acides nucléiques libres circulants du plasma (CNAPs) proviennent des cellules de différent tissus et organes et leur libération dans la circulation sanguine s'effectue au travers de différents mécanismes telles que la sécrétion, la nécrose ou l'apoptose 1.

L'origine tissulaire des CNAPs a été attribuée principalement chez le sujet sain aux cellules sanguines (55%), aux progéniteurs érythrocytaire (30%), aux cellules endothéliales vasculaires (10%) et aux hépatocytes (1%) 2

Chez la femme enceinte ou le sujet malade atteint de cancer ou de maladie complexes, une proportion très variable de CNAPs peut provenir des tissus lĂ©sionnels ofœtus, respectivement 3, ce qui permet leur utilisation comme biomarqueurs non invasifs pour des applications diverses tels que le diagnostic prĂ©natal ou le diagnostic, le pronostic et le suivi de la rĂ©ponse au traitement dans les maladies 3.

Bien que les CNAPs soient largement Ă©tudiĂ©s et utilisĂ©s comme biomarqueurs dans les maladies complexes ou pour le diagnostic prĂ©natal, peu d'Ă©tudes se so intéressĂ©es à la description et l'analyse de plusieurs de leurs caractĂ©ristiques molĂ©culaires dans le mĂŞme Ă©chantillonnage d'une cohorte de sujet sains. Il est donc important de mieux connaĂ®tre l'ensemble des caractĂ©ristiques molĂ©culaires des CNAPs ainsi que leur variabilitĂ© dans des populations de sujets sains, qui pourraient permettre de mieux apprĂ©hender et d'amĂ©liorer leur utilisation comme biomarqueurs dans des maladies.


Objectifs/missions du stage

Le projet de stage consiste en la rĂ©alisation d'une analyse molĂ©culaire multi-paramĂ©trique des CNAPs dans une collection de 133 de plasmas, en relation avec l'âge et le sexe des individus. La collection a Ă©tĂ© obtenue auprès de l'Etablissement Français du Sang auprès de 133 donneurs sains âgĂ©s de 19-69 ans. Le projet s'intĂ©ressera notamment l'analyse quantitative de l'ADN circulant d'origine nuclĂ©aire et mitochondrial, des ARNm et des miRNA prĂ©sents dans le plasma. De plus, une Ă©tude qualitative des CNAPs incluant l'Ă©tude de l'intĂ©gritĂ© de l'ADN circulant liĂ©eà leur profil de fragmentation ainsi leur niveau de mĂ©thylation globale sera Ă©galement Ă©tudiĂ©. Des mĂ©thodes adaptĂ©es prĂ©-analytiques et analytiques des CNAPs seront utilisĂ©es afin d'assurer une bonne qualitĂ© et reproductibilitĂ© pour l'analyse des donnĂ©es 4.

L'ensemble de cette caractĂ©ristiques molĂ©culaires sera mis en relation avec l'âge et le sexe des individus afin de voir leur impact sur les CNAPs. L'Ă©tudiant sera chargĂ© de rĂ©aliser l'extraction des CNAPs à l'aide de techniques optimisĂ©es permettant l'extraction de l'ensemble des CNAPs (ADN et ARN), ainsi que de leur analyses quantitative et qualitative à l'aide de mĂ©thode d'Ă©lectrophorèse capillaire, de fluorescence, de PCR en temps rĂ©el, PCR digitale en gouttelette et/ou de sĂ©quençage. Des dĂ©veloppements d'essais de PCR en temps rĂ©el ou de PCR digitale serontà prĂ©voir.


Profil recherché

  • Etudiant(e) en Master 2 ou 3ème annĂ©e d'Ă©cole d'ingĂ©nieur (ou Ă©quivalent), spĂ©cialisĂ© en Biologie molĂ©culaire, GĂ©nĂ©tique, Biochimie, Chimie analytique ou Biotechnologie.
  • Vous ĂŞtes fortement motivĂ©(e), rigoureux (se), dynamique, sens de la synthèse et esprit d'analyse.
  • Vous faites preuve d'un bon relationnel et d'un sens du travail en Ă©quipe
  • Vous connaissez la biologie molĂ©culaire et l'anglais scientifique.

Merci d'adresser votre candidature, CV, lettre de motivation et rĂ©fĂ©rens à Alexandre How Kit.

Gratification : gratification minimale légale (600,60 euros/mois) & titres restaurant

Références

1 Thierry, A. R., El Messaoudi, S., Gahan, P. B., Anker, P. & Stroun, M. Origins, structures, and functions of circulating DNA in oncology. Cancer Metastasis Rev. 35, 347-376, doi:10.1007/s10555-016-9629-x (2016).
2 Moss, J. et al. Comprehensive human cell-type methylation atlas reveals origins of circulating cell-free DNA in health and disease. Nat Commun 9, 5068, doi:10.1038/s41467-018-07466-6 (2018).
3 Szilagyi, M. et al. Circulating Cell-Free Nucleic Acids: Main Characteristics and Clinical Application. Int J Mol Sci 21, doi:10.3390/ijms21186827 (2020).
4 Mauger, F., Dulary, C., Daviaud, C., Deleuze, J. F. & Tost, J. Comprehensive evaluation of methods to isolate, quantify, and characterize circulating cell-free DNA from small volumes of plasma. Analytical and bioanalytical chemistry 407, 6873-6878, doi:10.1007/s00216-015-8846-4 (2015).



Technicien(ne) de laboratoire


La fondation Jean Dausset-CEPH est une fondation privée reconnue d'utilité publique située à Paris 10ème. La fondation dispose d'un Centre de Ressources Biologiques (CRB) à haut débit qui est certifié ISO20387 et ISO9001 :2015. Le CRB du CEPH est actuellement impliqué dans différentes études dont : le projet européen MyPeBS (My Personal Breast Screening), le projet national POPGEN visant à évaluer la diversité génétique de la population Française dans le cadre du plan France Médecine Génomique 2025 et le projet SAPRIS-Sero ayant pour objectif de déterminer le taux d'immunisation contre le Covid-19 de la population française. Pour mener à bien ces projets, la fondation recrute un technicien motivé pour travailler dans un laboratoire de production et dans un environnement certifié ISO. Un contrat d'une durée initiale de 6 mois reconductible pour une durée maximale de 18 mois au total est proposé.

Finalité du poste :

  • Réaliser les tâches de production inhérentes à certaines activités du Centre de Ressources Biologiques, réception d'échantillons biologiques, isolement de plasma et de sérum, qualification des ADN, conservation, mise à disposition, en appliquant les procédures du Système de Management de la Qualité.
  • Participer à l'amélioration continue du Système de Management de la Qualité.

Activités principales :

  • Réception de prélèvements et vérification de leur conformité
  • Enregistrement des prélèvements
    • Garantir la traçabilité des échantillons biologiques et la qualité de l'enregistrement des données transmises avec les prélèvements
  • Traitement des prélèvements sanguins
    • Poinçonnage de buvards
    • Isolement de plasma
    • Isolement de sérum
  • Traitement des ADN
    • Obtenir des mesures fiables et robustes de concentration des ADN
    • Localisation d'échantillons dans la base de données
  • Implication dans le Système de Management de la Qualité (SMQ)
    • Respecter les Bonnes Pratiques de Laboratoire
    • Appliquer les procédures du SMQ
    • Participer activement au SMQ

Activités secondaires :

  • Commandes de consommables et réactifs divers et demandes de devis
  • Gestion des anomalies sur matériel, maintenance et validation du matériel après intervention du SAV
  • Traitement des alarmes de température
  • Préparation des envois de matériels biologiques

Compétences requises :

  • Etre travailleur, réactif, organisé, rigoureux, minutieux et méthodique
  • Savoir travailler en équipe dans un cadre de production
  • Savoir manipuler en conditions stériles
  • Savoir utiliser couramment les outils informatiques tels que le PackOffice
  • Etre proactif.

Vous êtes intéressé(e), envoyez votre CV ainsi qu'une lettre de motivation et si possible des références à helene.blanche@fjd-ceph.org.

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